中国青年女科学家魏丽萍

北京大学生命科学学院教授

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2004至今 北京大学生命科学学院生物信息中心 教授、主任；蛋白质工程与植物基因工程国家重点实验室 副主任

2002-2004 美国斯坦福大学医学院医学系客座助理教授

2001-2003 美国Nexus Genomics公司共同创始人及首席科学家

2000-2001 美国Exelixis公司信息部研究员

教育  1994-1999 获美国斯坦福大学医学院生物医学信息学博士学位

1993-1994 获美国布朗大学应用数学硕士学位

1989－1993 中国科学技术大学无线电电子学系本科学习

Work Experiences 2004-present Professor, Director, Center for Bioinformatics, College of Life Sciences, Peking University; Associate Director, National Laboratory of Protein Engineering and Plant Genetic Engineering

2002-2004 Consulting Assistant Professor, Department of Medicine, School of Medicine, Stanford University

2001-2003 Co-Founder, Chief Scientific Officer, Nexus Genomics Inc., Mountain View, California

2000-2001 Informatics scientist, Exelixis, Inc., South San Francisco, California

Education 1994-1999 Ph.D., Biomedical Informatics, School of Medicine, Stanford University, Stanford, California

1993-1994 M.S., Applied Mathematics, Brown University, Providence, Rhode Island

1993 undergraduate, Electrical Engineering, University of Science and Technology of China

最新数据表明，人的基因组的大量区域都被转录，其中绝大多数转录本涉及非编码RNA。有些基因组位点的正反两链都转录，形成顺式天然反义转录本对。也有两个转录本编码于基因组不同位点，但在序列上互补，形成反式天然反义转录本对。天然反义转录本对可以在转录、剪切、及翻译等多个层次起到调控作用。我们在十个物种中利用生物信息学方法鉴定了数以千计的天然反义转录本对，详细研究其表达模式、物种间保守性、配对的起源、及可能的调控功能。许多非编码RNA通过反义调控行使其功能，是我们研究的重点。

随着高通量技术的发展，与成瘾等神经疾病相关的遗传、转录组、蛋白组数据大规模增长。我们通过系统整合多方面的数据，构建相关的代谢、信号转导及调控网络，尤其是着重研究非编码RNA参与的调控。借鉴控制论原理，寻找与成瘾等神经疾病过程中的多稳态等特征相关的多重反馈环路及重要结点，为疾病的诊断和治疗提供可能的切入点。

在对以上问题的研究中，我们采取以生物信息学分析为主，寻找统计规律及最有希望的靶点，再辅以实验验证的干湿结合的手段。我们研发的许多用于表达调控和代谢及调控网络研究中的生物信息学数据库及算法都在网上公开，有大量的国内外用户。

论文目录 原始研究论文

1. Li CY, Mao X, Wei L, Genes and (Common) Pathways Underlying Drug Addiction Revealed by Combining and Analyzing Candidate Gene Lists from Multiple Technology Platforms, accepted by Plos Computational Biology, 2007

2. Ye ZQ, Zhao SQ, Gao G, Liu XQ, Langlois RE, Lu H, Wei L. Finding new structural and sequence attributes to predict possible disease association of single amino acid polymorphism (SAP). Bioinformatics. 2007 Jun 15;23(12):1444-50.

3. Li CY, Yu Q, Ye ZQ, Sun Y, He Q, Li XM, Zhang W, Luo J, Gu X, Zheng X, Wei L. A nonsynonymous SNP in human cytosolic sialidase in a small Asian population results in reduced enzyme activity: potential link with severe adverse reactions to oseltamivir. Cell Res. 2007 Apr;17(4):357-62. (Cover story)

4. Kong L, Zhang Y, Ye ZQ, Liu XQ, Zhao SQ, Wei L, Gao G. CPC: assess the protein-coding potential of transcripts using sequence features and support vector machine. Nucleic Acids Res. 2007 Jul 1;35:W345-9.

5. Zhang Y, Liu XS, Liu QR, Wei L. Genome-wide in silico identification and analysis of cis natural antisense transcripts (cis-NATs) in ten species. Nucleic Acids Res. 2006 Jul 18;34(12):3465-75.

6. Zhang W, Zhang Y, Zheng H, Zhang C, Xiong W, Olyarchuk JG, Walker M, Xu W, Zhao M, Zhao S, Zhou Z, Wei L. SynDB: A Synapse protein DataBase based on Synapse Ontology, Nucleic Acids Res. 2007, Jan;35:D737-41

7. Cai Z, Mao X, Li S, Wei L. Genome comparison using Gene Ontology (GO) with statistical testing, BMC Bioinformatics 2006, 7:374.

8. Li J, Li X, Guo L, Lu F, Feng X, He K, Wei L, Chen Z, Qu LJ, Gu H. A subgroup of MYB transcription factor genes undergoes highly conserved alternative splicing in Arabidopsis and rice. J Exp Bot. 2006;57(6):1263-73.

9. Shi YH, Zhu SW, Feng JX, Mao X, Zhang L, Cheng J, Wei LP, Wang ZY, Zhu YX, “Transcriptome Profiling, Molecular Biological and Physiological Studies Revealed a Major Role of Ethylene in Cotton Fiber Cell Elongation”, Plant Cell, 2006 Mar;18(3):651-64.

10 Mao, X., Cai, T., Olyarchuk, J.G., Wei, L., “Automated Genome Annotation and Pathway Identification Using the KEGG Orthology (KO) As a Controlled Vocabulary”, Bioinformatics, 21(19): 3787–93, 2005

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